L’église abbatiale se présente sous la forme d’une grande croix au tracé régulier, le chœur profond de deux travées se terminant par un chevet plat. La distance chœur nef fait 70 m, son transept 47 m. 

Cette église abbatiale de style plutôt gothique est le lieu où les moines venaient chanter et prier 8 fois par jour. Elle reçoit la lumière grâce à ses nombreuses ouvertures, dont le vitrail central d’une dimension de 40 mètres carrés. Les vitraux ont été restaurés par le département à la fin des années 1960 à partir d’éléments retrouvés. On note la présence de deux chapelles baroques (XVIIe siècle) dans les transepts.
L’église accueille le trésor de l’abbaye, le gisant de la Reine Bérengère de Navarre. Ce dernier a été sculpté dans la seconde moitié du XIIIe siècle. La représentation de Bérengère, sans doute idéalisée, porte la couronne, signe distinctif d’une reine. Au Moyen Âge, le gisant était entièrement peint. Des traces de polychromie sont encore visibles sur le voile qui couvre la tête. Le socle d’origine, récemment redécouvert, a été restauré et réinstallé sous le gisant.

Le dernier voyage de Bérengère 

Le gisant de la Reine Bérengère a fait son grand  retour  au chœur de l’église abbatiale de l’Abbaye Royale de l’Epau en novembre 2020. Ce chantier de restauration, labellisé « Chantier de France », a permis, au-delà de sa dimension historique, d’améliorer les conditions de conservation et de préservation de l’ouvrage sculpté en pierre datant du XIIIème siècle. Véritable enquête scientifique et historique, ces importants travaux ont mobilisé les savoirs faire et l’expertise de véritables métiers d’art ancestraux, tout en y intégrant les techniques d’investigation innovante d’aujourd’hui.

Les pérégrinations d'un gisant

Le gisant de la reine se trouvait dans la salle capitulaire depuis 1988. Il avait été redécouvert en 1816, puis transféré 5 ans après dans la cathédrale du Mans, avant de revenir à l’Epau, dans la salle capitulaire. Après plusieurs années de recherches, de mois de travaux, le gisant a retrouvé sa place originelle, au chœur de l’église abbatiale de l’Epau. Le gisant de la reine Bérengère de Navarre est propriété de l’Etat et classé au titre des immeubles par liste de 1862. Le gisant fait l’objet d’une convention de dépôt entre la Direction Régionale des Affaires Culturelles des Pays de la Loire et le Conseil départemental de la Sarthe.